环顾全国，各家医院的学科建设攻略，共性和个性兼具。如何推动各学科找准定位，驶入发展的快车道，最终塑造特色鲜明的学科结构，显然考验管理者的视野和智慧。近年来，上海市儿童医院秉承十六字战略做大外科、做强内科、做出特色、做优品牌，使多个学科风生水起，形成“并驾齐驱”的格局。
支持各学科开展创新性技术，是上海市儿童医院推进学科建设的一个要略。作为国内少数能够全面、专业诊治小儿泌尿生殖系统先天畸形疾病的科室，该院泌尿外科在国内率先开展达芬奇机器人辅助手术，目前已成功完成20余例。骨科先天性髋关节脱位、脊柱侧弯矫正，神经外科脑部肿瘤、脑瘫SDR手术等在国内有较高影响。
聚焦核心技术做强内科，针对早有较大规模和能力的儿内科，该院采取追求顶尖技术的“做强”攻略。血液科于2016年8月开展非亲缘造血干细胞移植技术，迄今共完成13例，出仓率100%，移植植入率92.3%，总体生存率92.3%。脐血移植治疗免疫缺陷病6例，半相合移植难治复发性恶性血液病3例，挽救性移植2例，均获得可喜的成功。其中有父救子、同胞兄弟姐妹的相助，使得血液科移植技术达到同行的先进水平。
聚焦专病做出特色，以内分泌科为例，年门诊量在沪同类医院中位居首位。随着近年来小儿内分泌疾病谱改变，性发育异常(如小阴茎、隐睾、尿道下裂以及性发育不良等)发病率明显上升，成为小儿内分泌领域内最难诊治的疾病。对此，该科不仅制定抗早熟I号抗早熟II号复方中药合剂治疗性早熟的方案，还在2016年开展“经垂体GnRH连续输注诊断和治疗低促性腺激素缺乏症”新技术，目前已开展20余例，且处于国内先进水平。
对于具有传统优势的学科，通过完善支撑体系，进一步强化品牌。以肾脏科为例，是上海最早的小儿肾脏专科之一，曾经领先开展多项新技术，如国内最早开展婴儿肾活检、上海最早开展腹膜透析技术和血液净化技术治疗急慢性肾功能不全。时下已形成由肾脏病理、透析治疗为支撑、以先天/遗传性肾病、难治性肾病诊治为特色的学科格局。
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医药行业分析人士表示，上海市儿童医院的知名学科宛如网状体系，每个学科掌握越来越多的新技术，治疗越来越多的疑难复杂病，各学科之间的协同又日益频繁和密切，相互支撑迈步向前。在这个过程中，上海市儿童医院的品牌被擦得闪亮。
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