2016年6月27日，新三板正式进入分层管理时代。7月4日，创新层公司股票成交金额约4亿元，占新三板市场总成交额的57.1%，创新层公司股票成交股数6712.04万股，占新三板市场总成交股数的45.1%。由于创新层集中了多数有规模的优质企业，创新层公司股票成交额占比有望继续上升。
5月27日，全国中小企业股份转让系统有限责任公司发布了《全国中小企业股份转让系统挂牌公司分层管理办法(试行)》，自2016年6月27日起，正式对挂牌公司实施分层管理，新三板进入创新层和基础层并驱的双层时代。目前，新三板挂牌公司总数达到7699家，其中创新层公司953家。
对于创新层，《办法》设置了三套并行的准入标准：一、两年连续盈利，且年平均净利润不少于2000万元；两年加权平均净资产收益率不低于10%。二、两年营业收入连续增长，且年均复合增长率不低于50%；两年平均营业收入不低于4000万元；股本不少于2000万股。三、有交易的60个做市转让日的平均市值不少于6亿元，一年年末股东权益不少于5000万元，做市商家数不少于6家，合格投资者不少于50人。
据统计，新三板6月27日正式实施分层管理后的首周，新三板市场总成交金额34.55亿元，较前一周增长28.20%。其中，创新层公司股票成交金额16.9亿元，约占该周总成交金额的49%。分层首周，新三板市场交易活跃度明显上升，日均成交量环比上升48%，日均成交额环比上升28%。
投资分析人士认为，由于创新层集中了多数有规模的优质企业，创新层公司股票成交额占比有望继续上升。另外，在市场流动性相对有限的情况下，绝大部分基础层公司面临着流动性更加不足的严峻挑战。当前新三板总体仍受流动性不足的制约，分层的政策红利有待进一步尽快释放。
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