分子育种主要技术方法包括分子标记辅助选择（MAS）技术、全基因组选择（GS）技术、转基因技术、基因编辑技术等。分子育种是是指将分子生物学技术应用于育种中，在分子水平上进行育种。
我国政府十分重视分子育种技术发展，积极推动分子育种产业化进程。为服务国家战略需要、培养国家战略人才，根据教育部发布的2024年新专业目录中，北京农学院、大连海洋大学、新疆农业大学三所大学新增分子育种专业。在政策方面，分子育种相关政策有《种业振兴行动方案》、《关于扶持国家种业阵型企业发展的通知》、《国家种业创新发展规划（2021-2035年）》等。
根据新思界产业研究中心发布的《
2024-2028年中国分子育种行业市场供需现状及发展趋势预测报告》显示，相比于传统育种，分子育种具有育种周期短、变异范围广、差异性较小、均一性较好、操作简便等优势。种子是农业发展的基石，我国是全球主要育种需求国，分子育种产业发展空间广阔。目前分子育种技术已在水产、畜禽、农业等方面实现应用，如水稻育种、小麦育种、棉花育种、转基因大豆、基因编辑大豆、抗结核病牛、抗蓝耳病猪。
在国际市场上，分子育种相关企业有拜耳、科迪华、英国Genus公司等。在国内市场上，分子育种相关企业有华大智造、新锐恒丰、博瑞迪生物、格致博雅、极智生物、登海种业等。博瑞迪生物是一家专注于动植物分子育种技术研发和应用的企业，2020年-2023年2月，博瑞迪生物先后获得5轮融资，在资本助力、技术赋能下，博瑞迪生物逐渐实现了从数据库、算法、检测试剂到国产化智能分子育种技术检测平台的零突破。
农业生物育种，可分为1代农家育种时代、2代杂交育种时代、3代分子育种时代、4代智能育种时代，目前部分发达国家已进入“生物技术+人工智能+大数据信息技术”的4代智能育种时代，相比之下，我国还处于从2代杂交育种时代向3代分子育种时代迈进的关键时期。
新思界
行业分析人士表示，我国基因编辑技术、分子标记辅助选择技术整体处于全球领先水平，因此分子育种技术与发达国家相差不大，但在技术成果转化、实际应用方面还存在较大差距。未来分子育种产业链上下游仍需进一步联动，构建完善的成果转化体系和商业化运营体系，推动分子育种产业进一步发展。
