国务院推行“两票制”以来，全国各省市根据自身情况纷纷实施和执行了两票制，从政策发布和落地的速度可以预见，医药流通行业将很快迎来了“大洗牌”。两票制对公立医院的影响不言而喻，基层医疗（第三终端）市场也将迎来新的发展机会。未来至少将有5股力量会加速加大对基层医疗（第三终端）市场的支持。
1.大部分工商企业因为两票制受到影响，迫于业绩压力和生存压力，他们会纷纷转型，拓展新的销售渠道，必然会加大对基层医疗市场的投入力度，包括学术扶持力度。
2.医药自然人，挂靠风险，合规风险，资金安全风险等压力驱使下，他们也会纷纷向基层医疗市场转型。
3.互联网医疗在纯线上问诊、销售与服务等模式上“晃悠”了几年，陡然发现，真正落地必须靠实体医疗机构，绝大部分企业会携风险投资资本进入基层市场。
4.还有在国家鼓励社会资本办医、中医药法实施、鼓励多点执业等利好政策背景下，大量社会资本涌入基层医疗市场，将给整个医疗服务市场带来资金、技术和人才。
5.公立等级医院部分科室医生，在药品回扣缩水、反商业贿赂力度加大、公立医院改革实施以及国家正向引导多点执业等政策下，会有一部分医生跳出体制外，加入民营基层医院或医疗机构，为这个市场输入新鲜血液。
随着上述资源和各种社会力量纷沓而来，基层医疗市场竞争会更激烈，同时，随着国家对流通领域整治力度加大，品牌厂家和医药自然人对基层医生的专业培训力度加大，从等级医院转型进来的高水平医生除外，数以万计的赤脚医生将演变为高级赤脚医生，基层医疗机构经营管理及信息化水平也会提升，市场规范性将大大的加强。
此外，基层医疗服务能力将会大幅提升，医生的整体素质水平，也会随着医药资源整合等得到提升，加上自身的学习，基层医生整体素质将会得到提升，诊疗技术和诊疗服务水平也将大大提升。
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医药行业分析人士表示，虽然两票制带给基层医疗市场新的发展机会，但是所有的医疗机构购进药品渠道和税票都要规范，合规成本上升，带来的将是药品价格上涨。区域临终端商业公司或纯销商业公司由于失去公立医院配送资格，整体业务萎缩，要么转型为CSO服务商，要么被淘汰。部分厂商全面实行两票制，高开高返，三终端医药自然人资金与财税风险陡增，两票制对基层医疗市场也存在一些无法避免的不利影响。
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