肠道微生态系统是机体最庞大、最重要的生态系统，人体微生态失衡会导致多种疾病产生，因此为此肠道微生态的平衡备受医疗领域的重视，进而推动肠道微生态药物行业的快速发展。
肠道微生态药物是一种能够调节肠道微生态失衡的生物制品，主要包括合生元、益生菌、益生元，主要的作用是调节免疫功能、帮助肠道吸收营养物质，进而构成机体屏障功能和抑菌活性。在中国被批准用于人体的益生菌主要有酵母菌属、乳酸菌属、双歧杆菌属、链球菌属、肠球菌属、梭菌属、芽孢杆菌属。
根据新思界产业研究中心发布的
《2021-2026年中国肠道微生态药物行业细分市场需求及开拓机会研究报告》显示，肠道微生态和人类疾病之间有着紧密的关系，肠道微生态不平衡可导致心血管疾病、癌症、衰老、消化系统疾病、代谢性疾病、自身免疫性疾病等。随着消费者对于肠道微生态重要性认知提升，其对于微生态药物需求持续攀升，在2020年全球微生态药物市场规模约为3300亿元，未来随着微生态药物可渗透市场空间约为6000亿元。在肠道微生态药物中益生菌应用需求最高，在2020年我国益生菌市场规模已经达到900亿元。
益生菌是临床中使用最广泛的微生态制剂，按照菌株的来源和作用机制可被分为共生菌制剂、原籍菌制剂、真菌制剂三种。共生菌制剂使用人体倡导以外，与人体原籍菌有着共生作用，在服用后能够促进原籍菌生长和繁殖的菌种，主要包括枯草杆菌、枯草杆菌。当前市场中常见的共生菌制剂主要有整肠生、肠复康、美常安等。原籍菌制剂菌株来源人体肠道菌群，服用后可以直接补充原籍菌作用，主要产品有金双歧、贝飞达、丽珠肠乐、培菲康等。布拉氏酵母菌属真菌制剂。
杜邦、科汉森是中国益生菌原料主要的供应商，占据国内市场的80%以上。当前国内益生菌生产厂家规模均偏小，规模达到千万以上的企业主要有一然生物、微康生物、润盈生物、科拓恒通等几家。随着肠道微生态重要性的凸显，肠道微生态药物成为研发热点，众多药企布局在该领域，国际巨头企业罗氏、辉瑞、武田制药对于药物开发保持高度关注。
新思界
产业分析人士表示，肠道微生态与各种疾病相关性较高，随着消费者以及医生对于肠道微生态的了解以及重视度提升，肠道微生态药物市场需求持续攀升。就目前来看，在肠道微生态药物中应用需求最高的属益生菌相关产品，当前该领域发展机遇较大。
