工程菌又称为改造菌，是采用现代生物工程技术及基因工程方法，使外源基因得到高效表达的工程细胞株。作为新型微生物，工程菌具有种类繁多、来源广泛、功能多、高效以及适应性强等特点，凭借优异性能，工程菌在医药、食品、能源、化工、农业、污水处理等领域得到广泛应用，并为众多传统行业升级带来新思路。
微生物种类繁多，且数量巨大，是人体自身基因数量的百余倍，其被称为人体第二套基因组，在人体中，微生物构成了规模庞大且结构复制的微生物群落，广泛寄生在泌尿生殖道、皮肤、口腔、呼吸道、胃肠道等部位。微生物与人类健康密切相关，近年来，随着研究不断深入，以及合成生物技术进步，定制化工程菌市场迎来良好发展时机。
根据新思界产业研究中心发布的《
2021-2025年全球工程菌行业深度市场调研及重点区域研究报告》显示，近年来，全球布局工程菌市场的企业数量不断增加，包括美国Synlogic、强生、美国Osel以及中国和度生物、上海羽冠生物等企业。现阶段，全球工程菌市场仍处于发展初期阶段，未来行业存在广阔的发展空间。
第一代工程菌是作为膳食补充剂开发的益生菌，2020年，我国益生菌产业规模在1250亿元左右，市场保持高速增长态势，益生菌潜在应用场景丰富，但由于应用技术不成熟，目前益生菌主要应用在乳制品领域；第二代工程菌主要为具有预防和治疗疾病能力的药物，近年来，全球医药工程菌市场景气度较高，行业内投融资事件较多，主要集中在美国、中国、丹麦等地区，其中美国是融资规模最大的国家，2016-2021年，美国医药工程菌领域总融资规模达到1.2亿美元左右。
近年来，工程菌在临床应用越来越广泛，目前工程菌临床应用主要分为诊断和治疗两部分，在治疗方面，工程菌可分为体内治疗和体外治疗两种方式，其中体内治疗是通过基因编辑选择性杀死细菌，体外治疗是以细菌作为载体把药物运输到特定位置以达到治疗目的。
新思界
行业分析人士表示，凭借良好性能及特点，工程菌在食品、医药、化工、农业、污水处理等领域展现出良好应用前景。近年来，全球工程菌研发热情较高，但由于技术不成熟，目前全球工程菌市场仍处于发展初期，行业发展仍面临技术、应用、政策方面问题，未来工程菌市场发展机遇与挑战并存。
