分子诊断流水线，是用于分子诊断领域的、能够实现样本从上机到出具结果报告全过程自动化的设备，是体外诊断流水线的一种。
体外诊断（IVD）是临床上疾病诊断、治疗与预防的重要手段之一，分子诊断是体外诊断市场中发展最快的技术，凭借速度快、灵敏度高、精准度高、效率高等特点，在多种疾病诊疗过程中发挥重要作用。分子诊断重要性日益突出，可以检测的项目不断增多，同时，民众健康意识不断增强，分子诊断样本量不断增加，因此临床实验室检测压力不断增大。
在分子诊断市场中，聚合酶链式反应（PCR）凭借高敏感性、高特异性、易于操作、成本较低等优点成为主流技术，应用比例高。以PCR为例，PCR实验室操作流程包括样本处理、试剂准备、PCR仪器设置等，较多步骤需要人工操作，不同环节采用不同的设备，功能存在差异。
分子诊断流水线将分子诊断（例如PCR）各个环节所需设备集合于一体，功能高度集成，从而实现完全自动化，可以广泛应用于传染性疾病、遗传性疾病、肿瘤等疾病诊断，以及产前诊断、健康管理等领域。
2019年以前，我国分子诊断市场一直保持稳定上升态势；2020-2022年，由于新冠疫情爆发，相关检测需求暴涨，我国分子诊断市场规模一直处于较高水平；预计2023年，由于新冠病毒检测需求下降，我国分子诊断整体市场增速放缓，全年市场规模将为245亿元左右，但除新冠以外的其他领域检测需求保持稳定增长态势，利好分子诊断流水线行业发展。
新思界
行业分析人士表示，在我国市场中，分子诊断流水线供应商主要有罗氏（Roche）、豪洛捷（HOLOGIC）、赛沛（Cepheid）、安普利、仁度生物、安图生物、之江生物、博日科技等，既有国外企业，也有国内企业。目前我国分子诊断流水线市场渗透率依然偏低，未来增长空间大，国内企业具有本土化优势、性价比优势，若产品性能得到市场认可，占有率将不断提升。
