荧光显微镜照明方式通常为落射式，光源为紫外线，波长相对较短，但分辨能力高，由于荧光显微镜拥有两片特殊的滤光片，能够过滤可见光，起到保护眼睛的作用。随着现代科技的快速发展，荧光显微镜被应用在医疗、卫生检测、科研部门、电子工业、农林等领域，应用需求持续攀升。
根据新思界产业研究中心发布的
《2021-2026年荧光显微镜行业市场深度调研及投资前景预测分析报告》显示，随着应用范围不断拓宽，以近几年环境监测、生命科学等产业的发展带动，荧光显微镜市场需求持续攀升，市场规模随之扩大。在2019年我国荧光显微镜市场规模约为60亿元，在医药、环保、化学等产业发展持续推动，国内荧光显微镜市场规模仍旧持续攀升，预计到2024年达到128亿元。
近些年我国对于科技经费投入力度不断增加，从2017年的1.7万亿元，增长到2019年的2.2万亿元，同比上年增长了12.5%。在国家大力鼓励科技创新的背景下，荧光显微镜市场需求增长的同时，荧光显微镜产品也在不断创新，完成产业升级。
荧光显微镜主要被应用在生物医学领域。荧光显微镜有多种类型，目前常用到的产品有普通荧光显微镜、激光扫描共聚焦显微镜、超分辨率显微镜、多光子激光扫描显微镜。
在全球中，我国是显微镜生产大国，但高端显微镜产能主要集中在日本和德国，主要生产企业有蔡司、奥林巴斯、徕卡显微镜系统、尼康等，占据全球高端显微镜市场的65%以上。且以上几家企业布局领域不同，蔡司主要集中在消费光学和电子光学产品；徕卡集中在共聚焦显微镜、立体显微镜领域；奥林巴斯布局在生命科学领域；尼康在医疗镜片和医疗影像设备领域布局。
以上四家显微镜龙头企业，布局在各个细分领域，能够满足市场不同需求。我国显微镜生产企业缺乏技术沉淀，生产能力不足，目前能够生产高端显微镜产品的企业有永新光学，麦克奥迪、舜宇光学。
新思界
产业分析人士表示，荧光显微镜较普通显微镜优势明显，主要被应用在生物医学领域，在人口老龄化背景下，我国生物医学产业快速发展，荧光显微镜市场需求攀升，行业发展前景较好。我国是显微镜生产大国，却不是生产强国，高端显微镜市场被德国和日本企业占据，未来国产化空间较大。
