复合微生物肥料，是指含有两种以上有效菌并复合营养物质制造而成的微生物肥料。我国将微生物肥料分为农用微生物菌剂、生物有机肥、复合微生物肥料三大类。复合微生物肥料的成分包括菌、有机质、无机养分（氮、磷、钾等）。
我国现行的复合微生物肥料行业标准是《NY/T 798-2015 复合微生物肥料》，对复合微生物肥料的术语和定义、要求、试验方法、检验规则、标志、包装运输及贮存作出规定。
我国是农业大国，化肥年需求量大。化肥过量施用会导致土壤酸化板结、有机质下降等问题，并使得农作物产量与质量降低。具体来看，长期过量施用化肥，会破坏土壤团粒结构，降低土壤孔隙度与透气透水能力，造成土壤微生物群落失衡、有益菌活性衰减，土壤生物肥力持续退化；单一化肥的大量施用，会引发土壤养分比例失调，过量的氮、磷、钾会抑制作物对中微量元素的吸收，诱发作物缺素症，削弱农作物抗倒伏、抗病虫害能力。
复合微生物肥料的功能主要包括提供/活化养分、产生活性物质、促进有机物腐熟、土壤改良修复、增强农作物抗逆性、改善农产品质量等。复合微生物肥料能够平衡肥料的速效与长效供给需求，可以广泛应用在农业、园艺、林业、土壤修复等领域。
从企业布局来看，我国微生物肥料生产企业数量多，目前获得登记的物生物肥料产品超过1万个，在有效登记证中，复合微生物肥料登记产品数量在1800个左右，占比17%。
从技术方面来看，河南大学团队开发出一种新型微生物肥料（功能微生物制剂），有效复合解磷解钾、促生、拮抗病原菌和降解农残等微生物，突破了传统生物肥料菌种单一、有效活菌数少、定植能力差等技术难题，可以改良农田土壤，提高作物的产量、质量和抗逆性。
新思界
行业分析人士表示，从专利方面来看，近年来我国复合微生物肥料专利正在快速增多，主要有“一种复合微生物肥料及其制备方法”、“一种协同多种有益菌株的复合微生物肥料增效剂及其生产方法”、“一种植物源驱虫性复合微生物肥料的研制及应用”、“一种保水复合微生物肥料及其制备方法”、“一种树类种植专用复合微生物肥料及其制备方法”、“一种具有盐碱地改良作用的复合微生物肥料及其制备方法”等。
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