益生菌的研究越来越深入使得人们对益生菌的功能性认知越来越高，促进了益生菌行业在全球的发展。国外益生菌重点企业有科汉森、IFF（丹尼斯克）等，其均有几十年的产业化生产经验，设备先进，工艺流程较完善，并拥有一批性能稳定、能够规模化生产且得到大规模应用的专利“明星”菌株，例如科汉森的BB-12、IFF（丹尼斯克）的HOWARU®系列、雀巢的副干酪乳杆菌St-11、萨科的鼠李糖乳杆菌CRL1505、长双歧杆菌BB536等。这些“明星”菌株产业化应用较早，与国内菌株相比具有先发优势，同时这些菌株在国内外应用都比较多，得到消费者的认可，严重挤占了国内菌株的应用空间。
新思界
产业研究中心出具的《
2024-2029年益生菌研发行业市场深度调研及投资前景预测分析报告》显示，益生菌产业的研发成果如论文、专利都是公开化资料，国内研发机构也常与国外机构进行学术交流，国内机构研发与国外机构研发的差距正在缩小，部分领域已与国际同步，且近几年国内机构研究成果正在快速增长。
从益生菌的研发环节来看，目前，国内益生菌及发酵剂的研发主要依赖于高校等机构中，国内研发机构中，浙江大学、南昌大学的研发重点集中在菌株筛选和基因研究阶段，中国农业大学的研发重点是菌株的性能和初步的功能研究阶段，江南大学的研发重点是功能验证和产业化应用。而国外的重点企业和研发机构的重点已经进入产业化应用以后的功能发现和功能验证阶段。企业方面，国外企业自身研发实力都比较强，与机构的合作也比较有目的性和针对性，国内企业研发实力很弱，大部分企业没有研发能力，研发团队组建时间短，研发经验严重不足，基本依靠向研发机构索取现成菌株为主，中外企业研发实力差距较大。机构方面，国外研发机构从事益生菌及发酵剂的时间较早，拥有较多的专家学者和技术人员，而国内研发机构起步明显较晚，除江南大学、中国农业大学在上世纪90年代起步外，其他院校在益生菌及发酵剂相关领域的研究都不足20年，研发团队规模偏小、研发体系尚未完全建立，国内外研发机构研发实力依然有差距。
从益生菌研发的合作模式来看，国外的益生菌企业与研发机构之间的合作模式，更倾向于市场化，企业会将益生菌研发、生产过程中遇到的自己团队无法解决的问题，以市场化招投标的形式进行合作。国内益生菌市场处于起步阶段，不仅企业的研发实力薄弱，企业与研发机构之间紧密研发的模式也比较少。大量的企业与研发机构/大学的合作只是“面子工程”，而在真正的菌株筛选、功能验证、稳定性安全性驯化环节的合作很少。国内仅有江南大学与下游应用企业的合作较为紧密，且模式比较先进。国外企业研发实力更强，能够准确、快速的提出问题与研发需求，而国内众多企业的研发实力较弱，无法与研发机构协同研发，是导致国内外企业与研发机构之间合作模式差异的最主要原因。另外，国内外益生菌市场的发展阶段与成熟度，也导致了市场中企业的盈利能力有所差异，进而影响了企业无法长期、大量的向研发机构进行研发投资，也是导致这种差异的原因之一。
整体来看，虽然中国与全球市场在益生菌的研发实力上有差距，但中国在益生菌领域的研发已经取得了非常大的进步，国内重点的益生菌研发机构已经具备相当量的优秀菌株储备，为未来中国益生菌市场本土化做准备。且国内重点研发机构在功能验证背书环节也做了大量工作，虽然目前国内本土菌株的功能验证背书数量仍比较少，但背书的增长速度非常快。国内研发机构在益生菌领域申请的专利、发布的论文数量也在快速增长，且在可预见的未来时间段内将成为全球专利与论文数量最多的国家，届时中国的益生菌研发实力也将取得更大的突破。
