宏基因组测序（mNGS），是一种非靶向（无预设靶点）、无偏倚的宏基因组高通量测序技术。mNGS技术理论上可检测样本中存在的所有病原微生物，包括细菌、真菌、病毒、寄生虫、分枝杆菌等，具有发现罕见、非典型、混合感染或新发病原体的潜力。
根据新思界产业研究中心发布的
《2026-2031年中国宏基因组测序（mNGS）行业应用市场需求及开拓机会研究报告》显示，mNGS技术具有检测范围极广、无需预设靶标、可检出未知病原体等优势，可以应用在中枢神经系统感染、呼吸道感染、血流感染等感染性疾病诊断、医学微生物检验等场景。但mNGS技术检测成本高、临床解读复杂，也极大地限制了企业临床应用。
mNGS技术应用价值高，我国已发布了《宏基因组高通量测序技术临床实验室规范化应用指南（2026版）》、《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识》、《中枢神经系统感染性疾病的脑脊液宏基因组学第二代测序应用专家共识》等指南与共识，为其应用提供了指导。
mNGS相关标准也不断完善，其中GB/T 46943-2025《临床实验室检测和体外诊断系统 病原宏基因组高通量测序性能确认通用要求》填补了国内mNGS实验室性能评价的空白，将于2027年实施；《检验类医疗服务价格项目立项指南（试行）》设立了统一的mNGS检测收费项目，终结了无正规收费编码的局面。
我国mNGS市场参与者包括华大基因、金匙基因、微岩医学、微远基因、金域医学、博奥生物、迪飞医学等。其中微远基因的自主研发基于宏基因组测序技术的感染病原体核酸检测试剂盒、金匙科技自主研发的mNGS试剂盒——血流感染病原体核酸检测试剂盒于2026年8月31日获得国家药品监督管理局（NMPA）注册证。
微远基因于9月14日，在凯普广州总部与凯普生物签署战略合作协议，双方将在宏基因组测序（mNGS）感染精准诊断领域开展战略合作，推动mNGS感染诊断服务的合规化、标准化临床应用。
新思界
行业分析人士表示，现阶段，我国临床mNGS技术检测在实验室规范化开展、收费条目明细、试剂盒获批、应用场景共识等方面的合规路径已打通，mNGS行业正进入合规化、标准化阶段。随着检测成本持续下探和临床认知不断深化，mNGS市场空间将进一步扩大，并成为感染精准诊断的核心工具。
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