改革开放之后，在市场经济巨大利益刺激之下，各高校拿出部分的教育经费，同时利用自身的技术、人力条件，设立企业参与市场竞争，这导致了校办企业的兴起。校办企业的兴起及繁荣在一定程度上缓和了高校教育经费投入不足、教师待遇低的局面，但随着市场竞争的加剧，校企不分、管理僵硬等因素导致的校企经营风险开始暴露，校办企业经营的恶化逐渐威胁到高校自身的教育教学活动。
2006年6月，教育部《关于高校产业规范化建设中组建高校资产经营有限公司的若干意见》对校办企业的资产管理提出了明确的要求：建立高校资产经营有限公司。教育部成立高校资产管理公司的目的主要有：1、校企分离，规范校办产业发展，防范经营风险；2、维护高校教育、教学的核心功能，合理、公平利用教育、教学成果。
北大是全国第一个建立资产经营公司的高校，之后高校资产管理公司开始在各地区陆陆续续建立，就目前高校资产管理经营公司的发展来看，主要存在以下几个问题：
1、监管一体，职责不清。高校资产管理经营公司虽然是按照现代公司制度设立的，但并不是独立的。高校资产管理公司直接向高校资产管理委员会报告，其负责人及各部分领导大部分来自于高校，在管理上仍然是事业单位的行政方式。高校资产管理公司的设立更多的是为了应付教育部的政策命令，在独立性、透明性缺失的前提下，很难发挥应有的功能。
2、重监管轻经营，核心功能缺失。一般高校资产管理公司的设立有以下几个行政部门：人力资源部、财务部、法律合规部、资产管理部、投资运营部。一般的人员配备在20-40人之间，资产管理与投资运行部的主要职能是对现有企业经营状况的监管，投资功能主要由子公司来运作，总部投资部更倾向于一个投资监管部。
3、核心岗位内聘，重要职位兼任。高层总裁、总经理、部长多有校内人士兼任，中低层则选择外部招聘。人员的聘用则使其监管职能大打折扣。
虽然各高校建立了资产管理公司，在一定程度上防范了校办企业的经营风险，但是从高校资产管理公司的设立、管理、运行上看，并没有真正起到规范经营、防范风险、增值保值的功能，校企仍然没有完全分开。高校资产管理公司市场化运行仍有一段漫长的路要走。
