与新三板的不同股票成交额存在天壤之别类似，新三板基金的净值表现也呈现出“冰火两重天”的现象。自2013年底新三板扩容以来，各路新三板基金涌入投资者视线，在2015年三、四月，新三板基金产品出现发行高潮，而将近一年以后，新三板基金产品的浮动收益可谓是“撑死小部分，饿死大部分”。
截至目前，市场共有约3000只新三板概念的基金产品，其中名称中带有“新三板”字样的有约1400只。按类型分类，这些产品可分为基金资管计划、券商资管计划、期货资管计划、私募证券投资基金、私募股权投资基金、其他私募基金、信托计划。从发行方分类，新三板基金的主要发行方包括私募、券商资管、公募专户及子公司、信托，在四者的比例上，有明显不同。
新三板基金中，私募占48%、信托占36%、券商占14%、公募占2%。不同发行方的新三板产品各有其鲜明特点，总体来看，前三者在投研和优质资源上有先天优势，而信托对新三板投资策略和投资标的选择的了解程度则相对不足。
东方财富统计显示，截至2月17日，有披露数据的1125只新三板基金产品成立以来回报率最高的是299.3%，而最低的是-67.84%，回报率在0以上的有292只，其中回报率在50%以上的有17只，超过半数以上的新三板基金自成立以来表现浮亏。
表现最为优异的是深圳中盟泰资产管理的中盟泰-新三板7号，成立以来回报率为299.3%，1月29日公布的单位净值为3.981，其次为深圳市前海进化论管理和重阳战略分别管理的进化论复合策略一号、重阳战略才智基金，成立以来回报率分别为184.49%、129.79%。
从成立以来回报率在20%以上的57只新三板基金来看，深圳中盟泰资产管理有四只产品上榜，深圳舍得之道资产管理有四只产品在列，除此之外，少薮派投资、合晟资产、德昇投资、德昇投资、深圳市前海进化论均有超过一只产品在前57名之中。这些基金产品的管理人中，不乏朱雀股权投资、重阳战略等知名机构，同时，浙商资管、中信证券、中山证券是产品管理人中少见的三家券商系公司。
与此同时，表现较差的新三板产品有前海卓润投资、深圳前海品格资产管理、上海翮银资产管理的卓润一期、品格资本-广成1号、翮赢一号，成立以来浮亏分别为67.84%、58.74%、58.5%。大部分新三板基金并未取得浮盈。数据显示，有607只产品成立以来回报率在0以下，这意味着，接近54%的新三板基金产品都呈现浮亏状态。
总体而言，私募机构发行的产品最多，不管是表现好的还是表现差的，都是私募机构发行的为主。基金管理人投资能力及资源、投资策略、估值方式差异、布局时间不同等，均是造成最终展示净值不同的重要因素。大部分新三板基金的投资范围既包括拟挂牌企业股权，也包括已挂牌企业股票，这一投资范围决定了，不同的投资策略和不同的估值方式，综合起来均会影响基金运作期净值展示和投资者的最终实际收益。
从投资策略和估值方式来讲，对于拟挂牌企业股权，以成本估值，直到实际退出获取收益后才会实际展现到净值上；以协议转让方式交易的股票，以成本或一次转让价格估值；做市企业股票，以交易价格估值。这就意味着，若基金投资策略为重点投资于拟挂牌企业股权，那么投资期内净值会一直在1附近徘徊，并不具有参考价值，经过一定的投资运作时期，一旦有项目退出，很大概率会迅速拉高产品净值。目前展示净值较高的产品中，很大部分都是因重点参与单一挂牌企业定增，整体拉高了现阶段净值表现。但这种投资机会并非经常性的，投资业绩不具有可复制性。
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投资分析师表示，如今新三板产品浮亏明显的情况，必然将影响到接下来产品的发行和募集，2015年上半年，新三板基金产品成立的数量为1154只，而2016年以来成立的产品数量为173只，就成立产品数量情况而言，一个半月内还不到去年上半年的15%。大幅的浮亏将极大降低发行机构和投资者的热情，有
新三板投资分析人士预测，今年上半年的新三板产品发行量可能连去年的一半都达不到。
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