多核苷酸多态性（MNP）分子标记是一种新型分子鉴定技术，MNP是一组长度小于300bp的基因组片段内的多个分散的SNP（单核苷酸多态性）。
MNP分子标记是继SSR（简单重复序列）分子标记技术、SNP分子标记技术之后的，植物品种鉴定第三个国家标准（GB/T38551-2020）。相比于SSR、SNP标记法，MNP分子标记具有更高的多态性、更强的物种区分能力、更高的鉴定精度和效率，标记检测的准确率高达99.98%以上。
根据新思界产业研究中心发布的
《2025-2030年中国多核苷酸多态性（MNP）分子标记行业应用市场需求及开拓机会研究报告》显示，MNP分子标记技术可用于种群多样性分析、复杂遗传研究、品种权保护、植物杂交育种、种子质量管控、原始品种鉴定、实质性派生品种鉴定、动物检疫、海关生物安全等场景。
近年来，我国MNP分子标记技术相关标准研制进程加快，包括GB/T38551-2020《植物品种鉴定-MNP标记法》、NY/T 4459-2025《水稻品种及其实质性派生品种鉴定MNP标记法》等，由内蒙古巴彦淖尔市制定的《向日葵品种及其实质性派生品种MNP分子标记法》也已经通过审查。
MNP分子标记技术由江汉大学彭海教授团队与农业农村部科技发展中心共同发明，在国产平台华大智造测序仪所支持下，目前MNP分子标记技术在技术、试剂、仪器、芯片、数据系统、分析软件等方面已全面实现国产化。基于MNP分子标记技术的核心支撑，农业农村部科技发展中心、江汉大学和三亚崖州湾创新发展中心在崖州湾科技城合作构建完成了水稻品种的DNA指纹库。
目前江汉大学MNP研发中心正加速推进MNP分子标记技术成果转化落地，与通州种业园实验室、武汉农创中心、河南步锐顶检测技术服务有限公司、武汉伯远生物科技有限公司、武汉爱基百客生物科技有限公司等达成合成，开展MNP分子标记检测服务。
基于核心基因的多核苷酸多态性（cgMNP）是第二代MNP分子标记技术，中国科学院微生物研究所赵瑞琳团队联合中国农业科学院农业资源与农业区划研究所高巍副研究员等研究人员已成功将cgMNP标记应用于大球盖菇，实现了菌株的高分辨率分型。
新思界
行业分析人士表示，目前MNP分子标记技术已成功应用在水稻、大豆、茄子、油菜、玉米、番茄、食用菌香菇、向日葵等作物的品种鉴定中。在种业振兴及生物育种技术飞速发展背景下，MNP分子标记作为现代植物品种鉴定的新工具，市场空间正快速扩大。
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