微生物杀菌剂与传统的化学农药相比，不易产生抗药性，并且环境友好、安全性高，部分有益菌还可以促进植物生长。在适宜环境下，微生物杀菌剂可以繁殖，能够实现病害可持续治理，恢复农田生态平衡，进而减少化学农药需求。
微生物杀菌剂是指以细菌、真菌等有益微生物为活性成分，通过竞争作用、拮抗作用、寄生作用或诱导植物产生抗病性等机制，抑制或杀灭植物病原菌的活体制剂。微生物杀菌剂属于生物杀菌剂的重要分支。
微生物杀菌剂可以采用的菌类主要有芽孢杆菌类、木霉菌类、假单胞菌类、链霉菌类等。其中，芽孢杆菌应用最为广泛，其通过分泌脂肽类抗生素来抑制病原菌生长，以枯草芽孢杆菌为代表；木霉菌类通过寄生、分泌几丁质酶来防治病原菌，以哈茨木霉为代表。
微生物杀菌剂可以广泛应用在粮食作物、经济作物、设施栽培等领域，近年来我国多地以微生物杀菌剂为核心的绿色防控技术应用取得了显著成效。2025年，内蒙古赤峰市参与“百县万顷”技术集成示范行动，在宁城县等粮食大县以玉米为示范作物，分三次施用菌剂，使示范区玉米全程无病虫害发生；华南农业大学研发的“降镉、防病、增产、提质”微生物浓缩制剂，累计推广1万余亩，可有效防治水稻病害，2025年在广西示范区白叶枯和稻曲病发生率降低60%以上。
我国微生物杀菌剂研发与制备技术得了多项突破性进展。全国农技中心公布2025年农作物病虫害区域性绿色防控技术模式筛选结果，湖南省“沼泽红假单胞菌菌剂+”防控稻瘟病等重大病害绿色防控技术入选；2025年11月，成都新朝阳作物科学股份有限公司研究团队在国际期刊《Pesticide Biochemistry and Physiology》上发表论文，从野生链霉菌中分离获得两种新型化合物-瘟克菌素A与B，在稻瘟病高效防治方面展现出显著应用潜力。
新思界
行业分析人士表示，在我国，微生物杀菌剂布局企业主要有湖南慕恩生物科技有限公司、浙江钱江生物化学股份有限公司、远大作物科学（陕西）有限公司等。湖南慕恩生物科技有限公司研制出全球首款哈茨木霉可分散性油悬浮剂（OD），2025年7月，公司微生物农药制剂扩建升级项目竣工，新增年产3000吨微生物农药生产线，覆盖可分散油悬浮剂等产品。
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