随着生态农业和绿色食品生产的兴起和发展，亿万亩退化的耕地需要修复、与时俱进的新型肥料需要创新、新时代的农户需要提高效益，微生物肥料迎来了发展的春天。近几年，我国微生物肥料产能以超过 10%的增速稳定发展，其发展势头、应用价值，包括所倡导的土壤健康、提高肥料利用率、实施化肥减施、提高肥料效率等理念，已逐渐主导并引领肥料市场。
新思界产业研究中心发布的《2016-2020年中国微生物肥料行业市场调研与发展前景研究报告》显示，微生物肥料是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。微生物肥料有六大功效：一是提供或活化养分的功能；二是产生促进作物生长活性物质的能力；三是促进有机物料腐熟功能；四是改善农产品品种功能；五是增强作物抗逆性；六是改良和修复土壤功能。
微生物肥料在我国已经有60多年的研究、生产和应用历史。目前，我国已登记的微生物肥料企业有1000余家年，产量1000万吨，产值200亿元。微生物肥料品种丰富，应用范围广，涉及微生物功能菌剂、生物有机肥、复合微生物肥肥料三大类产品，使用的菌种超过150个。
与其它国家相比，我国的微生物肥料使用的菌种达150多种，菌剂产品种类多。有机物料腐熟菌剂、土壤修复菌剂(重茬、农药解毒、除草剂降解等)等功能菌剂、根瘤菌剂和溶磷菌剂、新型的复合微生物肥料、生物有机肥等6大类产品是登记的热门产品。
在产业政策和产业定位上，2013年，国务院发布的《生物产业发展规划》，将微生物肥料列为高新技术产业和战略新兴产业；国家发改委将微生物肥料列为现代农业优先发展的技术之一；国家还将在“十三五”和更长时期支持和发展微生物肥料产业。未来微生物肥料将会占肥料总量的15%左右，应用推广面积4亿亩以上。
此外，目前新型肥料总产能在1600-1700万吨，微生物肥料则占56.4%，几乎在所有作物上都有应用，在提高化肥利用率、降低化肥用量、保护环境等方面取得了较好的效果。
行业研究人士表示，微生物肥料在我国研发前景广阔，在未来，发展主要呈现四大趋势：一是微生物肥料吸附基质方面。目前适合作为微生物肥料吸附基质的工农业废弃物多种多样，比如：农业秸秆类、饼粕、食用菌菌渣、集约化养殖畜禽粪便、各种工业下脚料等，这些都是相对优质的有机废弃物资源，经过规模化、现代化的发酵工艺，可以将其变为优质的微生物肥料的生产原料。
二是微生物肥料生产技术方面。我国微生物肥料产业在生产工艺、生产设备的改进方面，保护剂和包装材料的筛选方面，以及功能产品研究和应用方面都还有待提高，需要加大研发力度。
三是微生物肥料施用技术方面。我国微生物肥料产品虽多，但在精细化上还不够。产业发展应该研究微生物肥料在不同作物上施用的时期、用量和施用方法，以及不同微生物菌剂与器械配合的精细化施用方法。
四是微生物肥料生产菌种方面的研究。未来，产业发展必然向提高土壤生产力、改善农产品品质、降低病虫害发生、保护农田生态环境的方向，同时，采用现代的科学技术，筛选优良的菌种，并进行优化组合，提高肥料功效将是企业的研究课题。
