2月20日，国家食药监总局在其官网上发文，宣布暂停执行药品电子监管码。2月23日上午，阿里健康也发布了公告表示，已经启动向国家食药监总局移交药品电子监管网系统的事宜。
2月20日，国家食药监总局发文称，决定暂停执行《关于药品生产经营企业全面实施药品电子监管有关事宜的公告》（2015年第1号）中药品电子监管的有关规定。根据规定要求，2015年12月31日前，境内药厂、进口药品制药厂须全部纳入中国药品电子监管网(以下简称入网)，并进行数据采集上传。2016年1月1日后生产的药品应做到全部赋码。而所有药品批发、零售企业，也要求2015年12月31日前须全部入网，对所经营的已赋码药品“见码必扫”。
不过由于阿里健康是药品电子监管网的具体运营商，同时还具有第三方互联网售药平台资质，其“裁判下场踢球”的身份引来一片反对。
此次暂停药品电子监管码，对于阿里健康而言，业绩无疑将会承受压力。阿里健康发布的声明中称，自阿里巴巴入股中信21世纪有限公司以来，阿里健康在持续亏损的状况下，仍然投入人民币近亿元资金，对原有药品电子监管网基于云计算进行技术架构改造。阿里健康在今年2月21日的公告中明确表示，运维药品电子监管网是其主营业务之一，并且是其2015财年和2016财年几乎全部的营收。
为何药品电子监管码的实施会面临难题？事实上，药品电子监管码一直面临的问题并不是谁来监管的问题，而是电子监管码的存废之争。据了解，拥有540多家门店的湖南养天和大药房在接受药品电子监管码后，需要购买的扫码枪、密匙以及后续维护，首期投入费用高达1200万元。而业内人士还表示，电子监管码还能防止医保基金被违规用在非医保报销商品上，对于药店而言无疑是失去了一个重要的收入来源。
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行业研究员表示，虽然药品电子监管码已经被暂停，但是这并不意味这国家会放弃对药品的监管。如何吸取在药品电子监管码实施过程中遇到的困难，完善对于药品的监管体系。
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