9月7日，国家卫计委宣布，截至2017年8月份，新农合异地就医联网结算工作已顺利完成国务院确定的年度任务目标。2017年1-8月，全国共实现新农合省内异地就医直接结算191.4万人次，报销105.2亿元，平均为每人次患者减少垫付5496.3元；新农合跨省就医联网结算18235人次、结报金额1.4亿元，平均为每人次患者减少垫付7677.5元。
新农合异地就医联网结算工作推行初期，医疗机构普遍担心回款周期问题。为了能够尽快回款，国家卫计委在国家层面通过中国人寿建立了周转金，几个工作日即可回款。而国家卫计委通过加强顶层设计、建立国家卫生计生委新型农村合作医疗异地就医结算中心、开发国家新农合跨省就医结算信息系统、建立转诊机制与跨省结算机制等工作，逐一突破各个难点。
根据国家卫计委规定，参合人员经规范转诊异地就医时，出院只需支付个人自付费用，定点医疗机构先行垫付异地就医结算补偿费用。而跨省就医结算的基金支付部分可在省际间实行先预付后结算，预付资金额度为可支付两个月资金，回款时间能够保证。
国家卫计委推行新农合异地就医联网结报是在分级诊疗的基础上，与其共同推进。一方面，新农合异地就医联网结报面向的对象是，通过规范转诊上来的患者。针对一些长期在异地居住的患者，国家卫计委建立了转诊备案制度。
为确保个人健康信息不泄露，在管理制度上，国家新农合信息平台建立了严格的信息管理制度，所涉及单位及个人，都应该严格遵循国家卫生计生委关于人口健康信息的管理办法。所有引入的社会力量都必须签署安全保护协议。在数据利用上，新农合信息平台实行严格的权限管理，不同地区、不同个人，都只能按照自己被限定的权限使用信息，不支持个案信息查询和披露。政策规定、技术手段等为保护个人健康信息保驾护航。
新农合异地就医联网结报工作给结报审核增加了难度，新形势下，如何保障基金安全，成为关键问题。从自身实践出发，海南省设置了三道防线，第一道防线是属地化管理，由就医地新农合经办机构负责对医疗机构进行监督管理。第二道防线是通过国家新农合信息平台配置的智能审核系统，对跨省就医异地结算每一笔患者参合费用自动审核。第三道防线是参合地经办机构进行事后审核。如果经办机构发现不合理费用，就会在下次拨款时予以扣除。
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医药行业分析人士表示，未来，国家卫计委将进一步扩大定点范围，在九省份每个县建立一所定点医疗机构的基础上，在非卫生计生部门管理的省份，每个市要建立一所定点医疗机构。已经联通的千所医疗机构中，既有县级医院、乡镇医院，还有社区中心。今后，长三角、珠三角等外来打工者密集的地方，基层医疗机构也将被纳入跨省就医联网结算范围。
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